在过去的几十年中，荧光显微镜已成为一个研究生物分子，途径和在活细胞，组织和整体动物动力学的各种各样的*的工具。相反）其他技术（如电子显微镜，荧光成像是与正在保持文化，使一个大跨度的时间尺度上发生的事件微创光学观察细胞兼容。

　　在空间分辨率方面，包括正电子发射断层扫描，磁共振成像和光学相干断层扫描技术，可以产生动物和人类受试者在10厘米和10微米之间的决议的图像，而电子显微镜和扫描探针技术具有zui高空间决议，往往接近分子和原子水平。

　　这两个之间在解决权力在于光学显微镜。除了能够形象的活细胞，荧光显微镜的所有形式（包括广角，激光扫描，旋转盘，多光子，和全内反射的zui显著的缺点）所带来的好处是空间分辨率的限制。

　　滤色系统是荧光显微镜的重要部位，由激发滤板和压制滤板组成。滤板型号，各厂家名称常不统一。滤板一般都以基本色调命名，前面字母代表色调，后面字母代表玻璃，数字代表型号特点。如德国产品(Schott)BG12，就是种蓝色玻璃，B是蓝色的*个字母，G是玻璃的*个字母；我国产品的名称已统一用拼音字母表示，如相当于BG12的蓝色滤板名为QB24，Q是青色(蓝色)拼音的*个字母，B是玻璃拼音的*个字母。不过有的滤板也可以透光分界滤长命名，如K530，就是表示压制滤长530nm以下的光而透过530nm以上的光。还有的厂家的滤板*以数字命名，如美国Corning厂的NO：5-58，即相当于BG12。

　　激发滤板根据光源和荧光色素的特点，可选用以下三类激发滤板，提供一定波长范围的激发光。

　　紫外光激发滤板：此滤板可使400nm以下的紫外光透过，阻挡400nm以上的可见光通过。

　　紫外蓝光激发滤板：此滤板可使300～450nm范围内的光通过。

　　紫蓝光激发滤板：它可使350～490nm的光通过。

　　zui大吸收峰在500nm以上者的荧光素(如罗达明色素)可用蓝绿滤板(如B-7)激发。

　　近年开始采用金属膜干涉滤板，由于针对性强，波长适当，因而激发效果比较玻璃滤更好。如西德Leitz厂的FITCKP490滤板和罗达明的S546绿色滤板，均远比玻璃滤板效果好。

　　激发滤板分薄厚两种，一般暗视野选用薄滤板，亮视野荧光显微镜可选用厚一些。基本要求是以获得zui明亮的荧光和的背景为准。