荧光显微镜用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等。 细胞中有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光；另有一些物质本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光，荧光显微镜就是对这类物质进行定性和定量研究的工具之一。

　　荧光显微镜的透射光系统

　　1、光源部分   包括：石英汞灯石英质外壳内充填超高压或高压汞气的灯管；消球差透镜。通过该透镜可使由光源来的光线形成清晰而平行的光束；激励滤光片。为了滤掉由灯管所发出的其他非紫外光部分，选用光谱波长为365纳米的紫外光滤光片，使光源成为紫外光源。

　　2、仪器主体部分   与生物显微镜构造基本相同，具有台下棱镜、台下聚光镜及载物台等，先进的还具有偏光装置。

　　3、物镜及目镜镜头   具有一套显微目镜和显微物镜系统，它是在可见光通过与发荧光物体的光程范围内的条件下，进行肉眼观察和在紫外线透射光下照相用的，常配有石英萤石物镜、玻璃透镜、消色差物镜等。

　　4、抑制滤光片   为了保护观察者的眼睛，在进入目镜的光路前安上一个波长在436纳米以上的滤光片，它几乎*吸收了波长短于365纳米的紫外光线。

　　透射光系统由光源产生紫外光，经仪器的主体透射到载物台的岩石薄片上，再经物镜、目镜直接投射到观察者的眼睛中。该系统是用来观察岩石薄片中所含烃类物质的各个组成。

　　反射光系统   它的光源系统与透射光系统相同，不同的是它不通过台下折光棱镜和聚光镜，而直接将荧光发生器安装在显微镜基座上。这样由光源来的光改变了原光路系统，使紫外光先经过物镜上端，通过物镜照射到载片的物体或岩石磨光面上，将激发的荧光反射回物镜经目镜到达观察者的眼睛。反射光系统所观察到的光线是岩石表面能被紫外光激发而产生的荧光。由于轻质沥青易逸散往往浮在岩石表面，所以用反射光来观察薄片及岩石磨光面的轻质沥青物质以及煤层、天然沥青、裂缝中的沥青物质等。

　　照相系统   照相系统是用来拍摄对镜下观察到的代表性或典型性内容以充实文字描述的再现性增添的一项辅助系统，目前该系统的功能多为自动化，它主要包括电子测光装置、变倍镜头、照相机和控制盘，照相机一般都装置在仪器主体的顶端，由电缆连接控制台，操作极为方便。